Het Zijper Museum is opgericht om de geschiedenis van de Zijper polder te bewaren en levend te houden door haar te delen met het publiek. Het is in 1973 opgericht als Oudheidkamer van de gemeente Zijpe. Sinds de oprichting is het dagelijks beheer geheel in handen van vrijwilligers. Vanaf 1999 is het museum opgenomen in het Museumregister Nederland. De status van geregistreerde museum is als keurmerk en ondersteuning erg belangrijk. Het museum ressorteert inmiddels onder de gemeente Schagen.
Het Zijper Museum is ondergebracht in een voormalig kantoorpand aan de rand van Schagerbrug. Het mist van origine de uitstraling van een museum.
De laatste jaren is dat deels opgelost door kleurstelling en belettering. Volgende stap is het aanbrengen van geveldecoratie aan de onderzijde van het gebouw in de vorm van meer-dan-levensgrote foto-afbeeldingen.